总部在深圳的航空公司

总部在深圳的航空公司包括：

深圳航空有限责任公司，通常简称“深航”，英文简称Shenzhen Airlines。深圳航空成立于1992年11月，1993年9月17日正式开航，其总部设在广东省深圳宝安国际机场航站四路39号深航基地。

深圳鹏城航空有限责任公司，通常简称“鹏航”，英文简称Shenzhen Pengcheng Airlines。深圳鹏城航空成立于2006年11月，由深圳航空、中国国际航空公司等五家公司共同投资，总部同样位于广东省深圳市。

总结：

深圳的总部航空公司有两家，分别是深圳航空有限责任公司和深圳鹏城航空有限责任公司。